На секции делить совершенно незачем. Для аквариумов аналогичных размеров в стойке я использовал эрлифты - их производительности было совершенно достаточно для фитофильтрации в выростнике.
Вам понадобится префильтр на входе.

Если будете делать на помпах - берите не особо мощные, 200-300 л-ч. Помпа с поролоном в качестве префильтра (если эрлифт - префильтр тоже крайне желателен), вода шлангом в лоток, весь лоток засыпать керамзитом или гравием и высадить флору. Ничего сложного.

Да. Лоток по всей длинне.
Секции или фальшдно в нем совершенно не нужны: при слое гравия не более 10 см. и корнях живых растений он будетсовершенно нормально и эффективно работать. Просто лоток, просто гравий (лава, керамзит и т.п.) и просто растения.

Дно можно сделать перфорированным у дальней стенки (где будет осуществляться слив). Если сделать дно перфорированным по всей длинне - то надо и залив сделать по всей длинне, флейтой (иначе дальняя от залива часть лотка будет непроточна). Это хлопотно, а потому - незачем.

Независимо от длинны лотка, его ширина, по идее, должна быть примерно равна глубине субстрата или больше ее. Но при глубине субстрата до 8-10 см (а больше 12 делать и смысла особого нет). нормально работают и более узкие лотки, только в них можно размещать весьма небольшие растения.

Stasy, растения над водой растут гораздо быстрее чем под водой. В этом и смысл фитофильтра - чтобы экспортировать накапливающиеся в воде вещества нужно обеспечить по возможности быстрое нарастание биомассы растений.

Если это все хозяйство "утопить" - можно, например, вообще поставить на дне лоток с субстратом и фальшдном - будет нормальный донный фильтр, конструкция и работа которого известны больше 100 лет, это не значит что будет "плохо". Нормально будет, в тех рамках и возможностях, которые характерны для таких фильтров.

НО
- растения нужно будет сильно освещать и обеспечивать углекислотой в воде.
- растения будут влиять на показатели среды (и если их очень много - сильно влиять, а если их мало - с выростником они не справятся)
- растения вне воды могут иметь сколь угодно большую массу, не изменяя газовый состав воды и довольствуясь тем СО2, что есть в атмосфере. Только вне воды можно создать зеленую массу, которая могла бы более-менее эффективно "обслужить" нагульник. Внутри выростного аквариума это будет довольно проблематично.

Аквариум декоративный будет? Если декоративный, то не надо.
Пробовал делать небольшой, в половину длины аквариума.
Под фильтром тень, фильтр довольно заметен.
Для декоративного лучше внешний.
В блоге у euggn хорошо описан такой.

В стойке, в рабочей "посуде" все равно "сильно красиво" вряд ли будет. Смысл в растениях в ФФ на рабочей емкости, главным образом такой: утиизация органики (при ограниченных возможностях содержания флоры, кроме выносливой плавающей и неприхотливой в горшках-лотках в большинстве нагульников).

Ими должен быть плотно засажен лоток. Причем их возможные не очень большие размеры компенсируются невозможным в воде темпом вегетации. В полках можно содержать компактные эхинодорусы, амфибийные формы длинностебельных (с подрезкой), несколько сожнее с невысокими анубиасами (если условия подойдут и не будут "гореть"), отлично растут многие почвопокровки (правда, их роль в утилизации органики, если они мелкие - не особо велика), некоторые невысокие болотные - стелющийся фикус, фиттония, традесканция (вообще - зверь, по вегетации).

Никакой "тени" неширокий лоток (шириной и высотой до 7-10 см) в корыте шириной от 40 см. не создает, если только он не освещается единственной, сдвинутой назад лампой.
Что неудобно - ловить рыбу в полном воды аквариуме. Удобнее делать это отлив ее до уровня ниже дна лотка.