Работает весь слой керамзита (или иного субстрата). Если он не очень толстый (хотя это довольно трудно точно выразить в сантиметрах - это зависит от скорости и объема протока, от количества корней (они снабжают субстрат кислородом!), от фракции...
Мне, например, глубоко непонятно, с какого бодуна была сделана заява про "только верхний слой". Человек много лет использует ФФ? У человека есть детский, апельсиновый героин (которого у нас нет)? Особая трава?...
Рекомендации по толщине субстрата есть в моем блоге. Даже для простейших песчаных корыт (без корней) есть ориентировочные рекомендации по рабочей глубине. Из литературы по системам водоочистки, а не чьи-то умозрительные.
Причем у ФФ рабочая глубина больше, биология процесса тоже описана.
Перегородки - это здорово.
Но не исключено, что где-нибудь на каком-нибудь сетевом "нонсенс ру" не найдется крендель, который, хорошо вкурив, вам напишет, что, вообще-то - "все херня кроме пчел..." И в чем-то будет прав.
Сразу начнете улей вместо фильтра приспосабливать?

ОЧЕНЬ интересная статья.Спасибо!