Первый этап обновления ядра и модулей до безопасныого состояния проведён.
Насколько это прошло успешно - покажет ближайшее время.
Активность на сайте в это время приветствуется!!!
О всех возникших после обновления глюках, и прочих проблемах пишем сюда!
Следующий этап будет через некоторое время, когда поймём, что первый этап прошел удачно.

Итак, первый глюк я отловил самостоятельно. В результате пришлось временно закрыть всем привычную зеленую шапку в трекере и на главной странице, в которой были обновления с сайтов партнёров, новости блогов и информация про новых пользователей и т.д.
Шапка осталась для:
1. незарегистрированных пользователей ( потому, что их данный глюк не коснулся)
2. Администраторов и модераторов, которых я убедительно попрошу не нажимать в этой шапке на появившиеся синие квадратики!!!
Как только я разбирусь откуда они появились и как их убрать, тогда смогу вернуть эту деталь сайта на её законное место.
Надеюсь на понимание.

И так же самостоятельно его исправил.
Народ, активнее тестируем функционал сайта и обо всех появившихся глюках пишем сюда.

Ну поскольку все молчат, то делаю вывод, что видимо всё работает. В ближайшие дни ( возможно и сегодня вечером) продолжим.

ДА, именно это является одной из причин почему сайт aquaria2.ru до сих пор жив. Там вся библиотека работает совершенно нормально.
Кстати, если после нахождения тут поиском нужной статьи в адресе заменить aquarua.ru на aquarua2.ru и всё остальное оставить, то откроется тот же документ, но с нормальной навигацией.