Зелёные или черные кустики? Можно сфотографировать, как это выглядит под водой?

Именно шершавые или склизкие? Уж больно на зарождающуюся бороду похоже.

Нижние листья отмирают от недостатка питания ,в данном случае азота . Всё питание уходит в новые листья ,а старые являются субстратом для поселения всякой гадости . Когда растениям есть чем питаться ,они не образуют корни вне грунта , а у вас они видны .Вы были в отпуске ,возможно в аквариум поступало меньше корма ,растения выжрали азот .Света у вас много ,да и СО2 подаёте (зачем не понял), а рыбьих какашек при таком населении не хватает.При таких условиях надо добавлять удобрения , но это другая песня .Для этого нужен опыт.
Это моё личное мнение.

Это утверждение не соответствует действительности. Длинностебелька очень часто пускает "воздушные" корни, даже укоренившись в питательном субстрате с питательной подложкой.

Мне кажется в этом конкретном случае именно недостаток питания приводит к образованию этих корней.
У меня именно с лимонником и альтернатерой было точно так ,начал давать " пожрать " -стало всё нормально.

Не гонитесь вы за этим пузырянием ,для этого надо кормить растения достаточно активно.Я бы прекратил такие активные подмены воды, достаточно 10-15% и то не каждую неделю,рыба у вас не сложная - выдержит.Но сейчас бы не менял воду месяц и убрал бы СО2 ,грунт не сифонить ,вообще пока не сифонить даже поверху грунта. У вас по свету и СО2 форсированые условия ,а по питанию как у медленного травника .Рыб можно добавить.
Это моё личное мнение.

Мне кажется здесь имеется полный набор водорослей. Зеленые и шершавые точки, как ты их называешь, скорее всего ксенококус. Особенно видно на фото 2 на бакопе. Лист слева на фото 1 и на листе справа у криптокорины на фото 2 -это явная борода.

Знаешь, когда человеку давать кушать намного больше, чем он может переварить, начинаются всякие, мягко выражаясь, побочные эффекты. Да простят меня медики за вольную трактовку. Так и у тебя. Ты дал растениям намного больше, чем им требуется. Соответственно, в образовавшейся и не занятой кормовой нише у тебя появились новые потребители- водоросли.
Нормализуются условия в аквариуме и ксенококус сам пропадет. Естественно на старых листьях точки останутся. А о бороде столько сказано и написано, что нового уже ничего не придумаешь. Посмотри в пределах этого форума и найдешь много интересного. Вот совсем недавно здесь очередная тема про бороду была.