Каркас из какого металла? Если нержавейка, то прилипнет, если крашенный черный металл, то же прилипнет, но не надолго. Воду наливать не стоит, лучше на распорки клеить, только давление сильное на стекла то же не надо создавать, достаточно просто прижать, чтобы не падали. Клеил однажды и на алюминиевый каркас, но имел возможность наблюдать аквариум только два года, ничего сказать о надежности соединения не могу.

На качественную краску силикон тоже липнет. Алюминий тоже берёт, у меня рёбра в аквариуме из Т-профиля. А то что силикон не прилипнет к покраске , ничего страшного. В каркасном аквариуме замазки были из цемента и маслянной краски, и стояло долго. В этом случае силикон будет лучше чем замазка. ведь он к стеклу хорошо пристаёт. Можно использовать любой 100% силикон без фунгицидов, не обязательно аквариумный.

Я когда-то все свои каркасники (и дюраль и жедезо) клеил строительным герметиком. Названия не знаю, но тем что в панельных домах внешние швы промазывают. Такой серый или голубоватый, шибко вонючий. Замечательно липнет ко всему, включая собственные руки.
Будешь отрезать стекла, режь их чуть меньше, чтобы ни в одной точке стекла не касались друг друга. А лежали на герметике, как на подушке. При касании возникает вероятность трещины в этом месте.

Ну можно было бы избежать многих вопросов , если бы не городить огород ...если стекла в аквариуме были нормальные (не битые , не затертые и т.д.) и замазка прилично выглядящая - можно было всего с помощью аквариумного герметика типа Хемлюкс , малярного скотча и медспирта (для обезжиривания) внутри аквариума наложить швы , предварительно лишь убрать старую замазку на участках соприкосновения стекла ...вся работа обошлась бы в 2-3 часа работы ...

да, оно того стоило
а старую краску и ржавчину чем снимали?

Прилично получилось!