Правильней все таки сортировать. А этой воде остается достаточно много молок которые дают бактериальную вспышку. Я обычно часов через пять после нереста легонечко освещал нерестовик и аккуратно выбирал пипеткой хорошую икру. И переносил ее в другую емкость.

Скорее всего от бактериальной нагрузки. Вы на стадии икры сортировку производите? Переносите икру в другу емкость? Или оставляете икру в воде нерестовика?

Замирает - это как? Дохнет что ли?